Rozporządzenie Parlamentu Europejskiego i Rady (UE) nr 1306/2013 z dnia 17 grudnia 2013 r. w sprawie finansowania wspólnej polityki rolnej nakłada na Państwo Członkowskie obowiązek wyznaczenia Jednostki Certyfikującej, której zadaniem jest przedstawienie Komisji Europejskiej sporządzonej zgodnie z przyjętymi w skali międzynarodowej standardami kontroli opinii na temat kompletności, dokładności oraz prawdziwości rocznych sprawozdań finansowych agencji płatniczych, właściwego funkcjonowania ich wewnętrznych systemów kontroli oraz zgodności z prawem i prawidłowości wydatków, o których zwrot zwrócono się do Komisji. Jednostka Certyfikująca jest operacyjnie niezależna zarówno od danej agencji płatniczych i jednostki koordynującej, jak również od organu, który akredytował tę agencję.
Zgodnie z art. 5 rozporządzenia wykonawczego Komisji (UE) nr 908/2014 z dnia 6 sierpnia 2014 r. ustanawiającego zasady dotyczące stosowania rozporządzenia Parlamentu Europejskiego i Rady (UE) nr 1306/2013 w odniesieniu do agencji płatniczych i innych organów, zarządzania finansami, rozliczania rachunków, przepisów dotyczących kontroli, zabezpieczeń i przejrzystości, Jednostka Certyfikująca organizuje swoją pracę w sposób skuteczny i wydajny, przeprowadza kontrole w odpowiednim terminie, uwzględniając charakter i harmonogram transakcji w odniesieniu do danego roku budżetowego. Jednostka Certyfikująca jest odpowiedzialna w szczególności za:
- sporządzenie opinii opartej na wynikach przeprowadzonego audytu,
- opracowanie sprawozdania dotyczącego swoich ustaleń, obejmującego funkcje delegowane, w celu stwierdzenia, czy:
- agencja płatnicza spełnia kryteria akredytacji;
- procedury agencji płatniczej dają wystarczającą pewność, że wydatki, którymi obciążane są fundusze, są zgodne z przepisami Unii, gwarantując tym samym, że leżące u podstaw transakcje były legalne i prawidłowe, oraz jakie zalecenia zostały ewentualnie wydane w celu ulepszenia i monitorowania tych procedur;
- roczne sprawozdania finansowe są zgodne z księgami i rejestrami agencji płatniczej;
- deklaracje wydatków i operacji interwencyjnych były istotnie autentycznym, kompletnym oraz dokładnym zapisem operacji, którymi zostały obciążone fundusze;
- interesy finansowe Unii są należycie chronione odnośnie do wypłaconych zaliczek, uzyskanych gwarancji, zapasów interwencyjnych oraz kwoty do odzyskania.
W Polsce, zgodnie z art.2 ust.2 ustawy z dnia 27 maja 2015 roku o finansowaniu wspólnej polityki rolnej funkcję Jednostki Certyfikującej pełni Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej wykonujący swoje zadania na podstawie ustawy z dnia 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej.
Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej wykonuje zadania Jednostki Certyfikującej za pośrednictwem Departamentu Ochrony Interesów Finansowych Unii Europejskiej Ministerstwa Finansów oraz 16 urzędów kontroli skarbowej.
Zadania określone w art. 5, art. 6 i art. 7 rozporządzenia wykonawczego Komisji (UE) nr 908/2014 są wykonywane w trybie określonym w ustawie z dnia 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej oraz ustawie z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa.
