Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej pełni funkcje Instytucji Audytowej na podstawie poniższych przepisów:
- Art. 123 ust. 4 rozporządzenia Parlamentu i Rady (UE) nr 1303/2013 z dnia 17 grudnia 2013 ustanawiającego wspólne przepisy dotyczące Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego, Europejskiego Funduszu Społecznego, Funduszu Spójności, Europejskiego Funduszu Rolnego na rzecz Rozwoju Obszarów Wiejskich oraz Europejskiego Funduszu Morskiego i Rybackiego oraz ustanawiającego przepisy ogólne dotyczące Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego, Europejskiego Funduszu Społecznego, Funduszu Spójności, Europejskiego Funduszu Morskiego i Rybackiego oraz uchylającego rozporządzenie Rady (WE) nr 1083/2006.
- Art. 31 ust. 4 rozporządzenia Parlamentu Europejskiego i Rady (UE) nr 223/2014 z dnia 11 marca 2014 r. w sprawie Europejskiego Funduszu Pomocy Najbardziej Potrzebujących.
- Art. 25 ust. 1 pkt b rozporządzenia Parlamentu Europejskiego i Rady (UE) nr 514/2014 z dnia 16 kwietnia 2014 r. ustanawiającego przepisy ogólne dotyczące Funduszu Azylu, Migracji i Integracji oraz instrumentu na rzecz wsparcia finansowego współpracy policyjnej, zapobiegania i zwalczania przestępczości oraz zarządzania kryzysowego.
- Art. 20 ust. 2 rozporządzenia wykonawczego Komisji (UE) nr 897/2014 z dnia 18 sierpnia 2014 r. ustanawiającego przepisy szczegółowe dotyczące wdrażania programów współpracy transgranicznej finansowanych na podstawie rozporządzenia Parlamentu Europejskiego i Rady (UE) nr 232/2014 ustanawiającego Europejski Instrument Sąsiedztwa.
Zgodnie z art. 127 rozporządzenia Parlamentu i Rady (UE) nr 1303/2013, Instytucja Audytowa dla każdego programu operacyjnego odpowiada w szczególności za:
- zapewnienie prowadzenia audytów w celu weryfikacji skutecznego funkcjonowania systemu zarządzania i kontroli;
- zapewnienie prowadzenia audytów operacji na podstawie stosownej próby w celu weryfikacji zadeklarowanych wydatków;
- przygotowanie w terminie ośmiu miesięcy od zatwierdzenia programu operacyjnego, strategii audytu obejmującej podmioty, które będą przeprowadzać audyty systemów i audyty operacji, metodologię, która zostanie zastosowana, metody doboru próby operacji do kontroli oraz indykatywne rozplanowanie audytów;
- do dnia 15 lutego każdego roku przedłożenie Komisji rocznego sprawozdania z kontroli, przedstawiającego wyniki audytów przeprowadzonych zgodnie ze strategią audytu oraz opinii zgodnie z art. 59 ust 5 akapit drugi rozporządzenia finansowego.
Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej wykonuje zadania Instytucji Audytowej za pośrednictwem Departamentu Ochrony Interesów Finansowych Unii Europejskiej w Ministerstwie Finansów i 16 urzędów kontroli skarbowej, w szczególności ustanowionych w nich wydziałów lub oddziałów do spraw kontroli środków z Unii Europejskiej.
Powyższe zadania są wykonywane w trybie określonym w ustawie z dnia 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej (Dz. U. z 2015 r. poz. 553) oraz ustawie z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2015 r. poz. 613).
Instytucja Audytowa realizuje swoje zadania zgodnie z międzynarodowo uznanymi standardami audytu. Zalicza się do nich standardy wydane przez The Institute of Internal Auditors (Instytut Audytorów Wewnętrznych) i International Federation of Accountants (Międzynarodowa Federacja Księgowych).
